Rome Center for Molecular Design (RCMD)

Notizie generali
Responsabile scientifico / Coordinatore: 
Settori ERC: 
LS2_11 - Computational biology
LS2_8 - Epigenetics and gene regulation
PE4_13 - Theoretical and computational chemistry PE5_18 - Molecular chemistry
PE6_9 - Human computer interaction and interface, visualization and natural language processing
Attivita di ricerca: 

Il laboratorio di Chimica Farmaceutica Computazionale RCMD si occupa di progettazione di sostanze biologicamente attive mediante tecniche di modellazione molecolare al calcolatore. Recentemente l'RCMD ha intrapreso la costruzione di un portale web, il 3-D QSAR server (www.3d-qsar.com), per la predizione di attività con metodi ligand-based e structure-based. Negli ultimi anni il laboratorio si occupa anche dell'estrazione e della valutazione biologica di sostanze di origine naturale.

L'attività di ricerca dell'RCMD si riassume in circa 90 pubblicazioni peer-reviewed nei seguenti argomenti:

  1. Sviluppo di nuove metodologie computazionali in chimica farmaceutica
  2. Sviluppo di Modelli predittivi con metodi Ligand-Based e Structure-Based
  3. Progettazione di molecole bioattive
  4. Estrazione, caratterizzazione chimica e biologica di composti di origine naturale con particolare riferimento agli oli essenziali

 

Il laboratorio di Chimica Farmaceutica Computazionale RCMD, nato nel 2000, si occupa di progettazione di sostanze biologicamente attive mediante tecniche di modellazione molecolare al calcolatore.

Nel 2016 e' stato aperto il primo portale per creare modelli 3-D QSAR: www.3d-qsar.com

Aree di interesse
  • Drug Design
  • Sviluppo di Metodologie Computazionali per la Predizione di Attività di Molecole di Interesse Farmaceutico
  • Applicazione di Metodologie Computazionali (Ligand-Based Drug Design e Structure-Based Drug design)
Pubblicazioni
  • Annarita Stringaro, Elisabetta Vavala, Marisa Colone, Federico Pepi, Giuseppina Mignogna, Stefania Garzoli, Serena Cecchetti, Rino Ragno, and Letizia Angiolella. Effects of Mentha suaveolens Essential Oil Alone or in Combination with Other Drugs in Candida albicans, Evidence-Based Complementary and Alternative Medicine, vol. 2014, Article ID 125904, 9 pages, 2014. doi:10.1155/2014/125904
  • Antonia Caroli, Flavio Ballante, Richard B. Wickersham III, Federico Corelli and Rino Ragno. Hsp90 Inhibitors (II). Combining ligand-based and structure-based approaches for Virtual Screening application. J. Chem. Inf. Model., (2014). 54 (3), pp 970–977. doi: 10.1021/ci400760a
  • Flavio Ballante, Antonia Caroli, Richard B. Wickersham III and Rino Ragno. Hsp90 Inhibitors (I). Definition of 3-D QSAutogrid/R Models as a Tool for Virtual Screening, J. Chem. Inf. Model., (2014), 54 (3), pp 956–969. doi: 10.1021/ci400759t
  • Maria Chatzopoulou, Alexandros Patsilinakos, Theodosia Vallianatou, Marta Soltesova Prnova, Simon Žakelj, Rino Ragno, Milan Stefek, Albin Kristl, Anna Tsantili-Kakoulidou, and Vassilis J. Demopoulos . Decreasing acidity in a series of aldose reductase inhibitors: 2-fluoro-4-(1H-pyrrol- 1-yl)phenol as a scaffold for improved membrane permeation Biorganic Medicinal Chemistry (2014), Volume 22, Issue 7, 1 April 2014, Pages 2194–2207
  • Livia Civitelli; Simona Panella; Maria Elena Marcocci; Alberto De Petris; Stefania Garzoli; Federico Pepi; Elisabetta Vavala; Rino Ragno; Lucia Nencioni; Anna Teresa Palamara; Letizia Angiolella. In vitro inhibition of herpes simplex virus type 1 replication by Mentha suaveolens essential oil  and its main component piperitenone oxide. Phytomedicine (2014). In Press, doi:10.1016/j.phymed.2014.01.013
  • Laura Friggeri, Flavio Ballante, Rino Ragno*, Ira Musmuca, Daniela De Vita, Fabrizio Manetti, Mariangela Biava, Luigi Scipione, Roberto Di Santo, Roberta Costi, Marta Feroci and Silvano Tortorella. Pharmacophore Assessment Through 3-D QSAR:evaluation of the predictive ability on new derivatives by the application on a serie of antituberculara gents. DOI: 10.1021/ci400132q. J. Chem. Inf. Model., (2013), 53 (6), pp 1463–1474
  • E. Perspicace, V. Jouan-Hureaux, R. Ragno*, F. Ballante, S. Sartini, C. La Motta, F. Da Settimo, B. Chen, G. Kirsch, S. Schneider, B. Faivre, S. Hesse, Design, synthesis and biological evaluation of new classes of thieno[3,2-d]pyrimidinone and thieno[1,2,3]triazine as inhibitor of vascular endothelial growth factor receptor-2 (VEGFR-2), European Journal of Medicinal Chemistry. (2013), doi: 10.1016/j.ejmech.2013.03.022,  63, 765–781
  • Giorgio Ortar, Enrico Morera, Luciano De Petrocellis, Alessia Ligresti, Aniello Schiano Moriello, Ludovica Morera, Marianna Nalli, Rino Ragno, Adele Pirolli, Vincenzo Di Marzo. Biaryl tetrazolyl ureas inhibitors of endocannabinoid metabolism: modulation at the N-portion and distal phenyl ring. European Journal of Medicinal Chemistry 63 (2013) 118-132
  • Simona Piccolelli, Andrina Ricci, Federico Pepi, Alexandros Patsilinakos, Rino Ragno, Stefania Garzoli and Pierluigi Giacomello. Gas-phase basicity of 2-furaldehyde. J. Mass Spectrom. 2012, 47, 1488–1494.
  • Laura Silvestri, Flavio Ballante, Antonello Mai, Garland R. Marshall and Rino Ragno*. Histone Deacetylase Inhibitors: Structure-Based Modeling and Isoform-Selectivity Prediction. J. Chem. Inf. Model., 2012; 52:2215-35
  • Flavio Ballante and Rino Ragno. 3-D QSAutogrid/R: an alternative procedure to build 3-D QSAR models. Methodologies and applications. J. Chem. Inf. Model., 2012, 52:1674-85
  • Flavio Ballante, Ira Musmuca, Garland R. Marshall1 and Rino Ragno.  Comprehensive Models of Wild-Type and Mutant HIV-1 Reverse Transciptases.  Journal of Computer-Aided Molecular Design. 2012. 26:907-1
  • Dante Rotili, Alberta Samuele, Domenico Tarantino, Rino Ragno, Ira Musmuca, Flavio Ballante, Giorgia Botta, Ludovica Morera, Marco Pierini, Roberto Cirilli, Maxim B. Nawrozkij, Emmanuel Gonzalez, Bonaventura Clotet, Marino Artico, José A. Esté, Giovanni Maga, and Antonello Mai. 2-(Alkyl/Aryl)Amino-6-Benzylpyrimidin-4(3H)-ones as Inhibitors of Wild Type and Mutant HIV-1: Enantioselectivity Studies. Journal of Medicinal Chemistry, 2012., 55 (7), 3558-3562
  • Daniel Brian Nichols, Guy Fournet, Gurukumar K.R., Amartya Basu, Jin-Ching Lee, Naoya Sakamoto, Frank Kozielski, Ira Musmuca, Benoît Joseph,* Rino Ragno,* Neerja Kaushik-Basu*. Inhibition of Hepatitis C Virus NS5B Polymerase by S-Trityl-LCysteine Derivatives. Eur. J. Med Chem.  2012. 49C, 191-9
  • Ragno R, Gioia U, Laneve P, Bozzoni I, Mai A, Caffarelli E.  Identification of Small-Molecule Inhibitors of the XendoU Endoribonucleases Family.  ChemMedChem. 2011 Oct 4;6(10):1797-805. doi: 10.1002/cmdc.201100281. Epub 2011 Jul 29.
  • Pietrella D., Angiolella L., Vavala E., Rachini A., Mondello F., Ragno R., Bistoni F., Vecchiarelli A. Beneficial effect of Mentha suaveolens essential oil in the treatment of vaginal candidiasis assessed by real-time monitoring of infection.  BMC complementary and alternative medicine  (2011),  11, 1
  • Nocca, G.; Ragno, R.; Carbone, V.; Martorana, G. E.; Rossetti, D. V.; Gambarini, G.; Giardina, B.; Lupi, A. Identification of glutathione-methacrylates adducts in gingival fibroblasts and erythrocytes by HPLC-MS and capillary electrophoresis. Dental Materials (2011), 27:e87-98
  • Pepi, Federico; Mazzei, Franco; Frasconi, Marco; Favero, Gabriele; Giacomello, Pierluigi; Tata, Alessandra; garzoli, stefania; Di Fusco, Massimo; D'Annibale, Andrea; Ragno, Rino; Patsilinakos, Alexandros; Cannistraro, Salvatore; Baldacchini, Chiara.  Chemically modified multi-walled carbon nanotubes electrodes with ferrocene derivatives through reactive landing.  The Journal of Physical Chemistry (2011), 115(11),  4863-4871
  • Sergio Valente, Maria Tardugno, Mariarosaria Conte, Roberto Cirilli, Andrea Perrone, Rino Ragno, Silvia Simeoni, Silvio Massa, Angela Nebbioso, Marco Miceli,[b] Gianluigi Franci,Gerald Brosch, Lucia Altucci, and Antonello Mai. Novel Cinnamyl Hydroxyamides and 2-Aminoanilides as Histone Deacetylase Inhibitors: Apoptotic Induction and Cytodifferentiation Activity. ChemMedChem, 2011, 6(4),  698-71
  • Letizia Angiolella, Elisabetta Vavala, Silvia Sivric, D’Auria Felicia Diodata, Rino Ragno.  In vitro activity of essential oil of Mentha suaveolens. against Cryptococcus neoformans , and dermatophytes. International Journal of Essential Oil Therapeutics (2010), 4(1-2),  35-36. 
  •  Ira Musmuca, Antonia Caroli, Antonello Mai, Neerja Kaushik-Basu, Payal Arora and Rino Ragno*. Combining 3-D QSAR with Ligand Based and Structure Based Alignment Procedures for in Silico Screening of New Hepatitis C Virus NS5B Polymerase Inhibitors. J. Chem. Inf. Model.,  2010, 50(4),  662-676

 

  • Sabrina Castellano, Ciro Milite, Rino Ragno, Silvia Simeoni, Antonello Mai, Ettore Novellino, Ingo Bauer, Gerald Brosch, Astrid Spannhoff, Donghang Cheng, Mark T. Bedford and Gianluca Sbardella. Design, Synthesis and Biological Evaluation of Carboxy- Analogues of Arginine Methyltransfe-rase Inhibitor 1 (AMI-1).  ChemMedChem, 2010, 5, 398-414